E’ il 1964, a St. Nicholas nel Bronx. Un deciso e carismatico prete, Padre Flynn (Philip Seymour Hoffman), sta cercando di allentare i rigidi costumi della scuola, che vengono custoditi gelosamente da Sorella Aloysius Beauvier (Meryl Streep), la Preside con il pugno di ferro che crede nel potere della paura e della disciplina. I venti del cambiamento politico stanno soffiando all’interno della comunità e in effetti la scuola ha accettato il suo primo studente di colore, Donald Miller. Ma quando Sorella James (Amy Adams), un’innocente piena di speranza, condivide con Sorella Aloysius il suo sospetto che Padre Flynn stia prestando troppa attenzione a Donald, Sorella Aloysius è felice di iniziare una crociata sia per svelare la verità che allontanare Flynn dalla scuola. Ora, senza uno straccio di prova se non la sua sicurezza morale, Sorella Aloysius lancia una battaglia contro Padre Flynn, uno scontro che minaccia di sconvolgere la chiesa e la scuola con conseguenze devastanti.